陆委会曾宣示，两岸医药卫生交流政策以「互补、互惠、互利」为原则，以提升两岸人民健康福祉为目的。尤其因应后SARS时期，两岸往来频繁，新兴传染病无国界的疫情发展，两岸卫生交流方向除了截长补短、经验分享外，也能就疫情交换及两岸医疗卫生政策的需求，选取适当议题，推动及发展两岸医疗卫生交流，落实并增进两岸人民的健康福祉。 藉由两岸人民及专业人士交流之资源整合，提供相关单位讯息反馈，或能促进本会各阶段的营运使命，发挥更大效能，更能藉以对两岸交流推动工作交换意见，以期未来能够针对现有问题提出解决方案，使两岸人民享受到本会所带来的健康效益。更能增益本会永续经营之能力。