陸委會曾宣示，兩岸醫藥衛生交流政策以「互補、互惠、互利」為原則，以提升兩岸人民健康福祉為目的。尤其因應後SARS時期，兩岸往來頻繁，新興傳染病無國界的疫情發展，兩岸衛生交流方向除了截長補短、經驗分享外，也能就疫情交換及兩岸醫療衛生政策的需求，選取適當議題，推動及發展兩岸醫療衛生交流，落實並增進兩岸人民的健康福祉。    藉由兩岸人民及專業人士交流之資源整合，提供相關單位訊息反饋，或能促進本會各階段的營運使命，發揮更大效能，更能藉以對兩岸交流推動工作交換意見，以期未來能夠針對現有問題提出解決方案，使兩岸人民享受到本會所帶來的健康效益。更能增益本會永續經營之能力。